La CELI è organizzata in maniera sinodale. Ciò significa che il governo della Chiesa è affidato ad un Sinodo composto dai rappresentanti delle Comunità luterane aderenti (15 in tutto il Paese), dai pastori o ministri di culto in carica; membri straordinari che vengono proposti dal Concistoro; rappresentanti delle opere riconosciute dal Sinodo. Ogni attività è comunque regolata dallo Statuto della CELI.

Il mandato del Sinodo, quindi della propria presidenza eletta tra i propri membri laici, dura quattro anni ed è rinnovabile. Ne fanno parte, ma senza diritto di voto, i presidenti del Collegio dei Revisori dei Conti, del Collegio dei Conciliatori e della Commissione tecnico-finanziaria.

Inoltre ne fanno parte, ma senza diritto di voto, i presidenti del Collegio dei Revisori dei Conti, del Collegio dei Conciliatori e della Commissione tecnico-finanziaria. La Presidenza del Sinodo, in carica quattro anni e rieleggibile, è composta da Presidente e Vicepresidente, eletti dai sinodali tra i propri membri laici, con le funzioni descritte nell’art. 20 dello Statuto della CELI.

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