Ciascuna comunità della CELI viene rappresentata nel Sinodo da un pastore/pastora e da almeno due membri della comunità. Le comunità con più di 200 membri hanno il diritto, per ogni scaglione successivo fino a 200 membri, di inviare un ulteriore sinodale. Un rappresentante rispettivamente del Collegio dei Revisori dei Conti, del Collegio dei Conciliatori e della Commissione Tecnico-Finanziaria hanno diritto di parola ex ufficio. Partecipanti e ospiti possono avere diritto di parola ricevendone la facoltà dalla Presidenza del Sinodo.

Il Sinodo elegge le persone per le seguenti cariche: Presidenza del Sinodo (Presidente, Vicepresidente, Verbalizzante), Decano, Vicedecano, i tre Consiglieri laici del Concistoro, fino a quattro sinodali straordinari, i membri della Commissione Tecnico-Finanziaria, i Revisori dei Conti, i membri del Collegio dei Conciliatori, i membri del Collegio in materia di fede e di dottrina. Sempre il Sinodo può istituire commissioni e collegi ad hoc, per materie specifiche. Il Sinodo dibatte e delibera sui lavori dell’esecutivo (il Concistoro), prende atto delle relazioni delle Opere della CELI, di quelle degli incaricati per compiti specifici e dei partner di trattati (p.es. con chiese di altri paesi), decide in merito a questioni statutarie nonché patrimoniali e di proprietà immobiliari.